1999年5月23日，《國家科學技術獎勵條例》發布施行，國家最高科學技術獎從此設立。

　　國家最高科學技術獎授予在當代科學技術前沿取得重大突破，或在科學技術發展中有卓越建樹，或在科學技術創新、科學技術成果轉化和高技術產業化中創造巨大經濟效益或者社會效益的科學技術工作者；每年授予人數不超過2名。國家最高科學技術獎報請國家主席簽署并頒發證書和獎金。獎金數額由國務院規定。獲獎者的獎金額為500萬元人民幣。