2005年10月6日，臺大政治系施明德講座，扁馬同臺，扁：“愿與馬喝大和解咖啡”；馬回應：“聽扁主張就知難和解，見面堆滿笑容，出去你死我活，沒意義”。

　　2006年1月1日，臺“總統府”元旦祝詞，扁批臺下的馬英九竟公開主張“終極統一”。馬回應：陳水扁還在談“新憲”，該醒醒了。

　　2006年2月28日，紀念2.28事件儀式，“終統”風波，扁在臺上五度反問，“難道阿扁做錯了嗎？”馬在臺下臉色凝重。

　　　2006年3月7日，雷震民主人權基金成立，扁說“將民族情感置于其次”；馬說“當權者不應將異己都打成中共同路人”。

　　2006年3月29日，馬訪美回臺記者會，馬說愿意見扁，“交流與美接觸的許多良心的建議”；民進黨由游錫堃發動反擊。(資料來源：聯合新聞網)