2006年8月2日 民進黨“立委”謝欣霓向“高檢署查黑中心”告發，指馬英九挪用特別費當生活費，存款暴增。查黑中心4日簽分“查字第18號”案，交由檢察官侯寬仁調查。

　　2006年9月起 檢察官展開調查后，共傳訊證人上百人，同時逐一清查1萬多張發票單據。

　　2006年11月14日 馬英九以關系人身分到案說明。

　　2006年11月15日 約談市長秘書余文及10名相關證人，厘清化零為整的報帳方式是否涉及偽造文書，包含余文在內的11位關系人訊后均飭回。余文則被改列貪瀆、偽造文書案的犯罪嫌疑人，并限制出境。

　　2006年11月17日 馬英九首度表示，若此案遭起訴，就會依照黨章規定停止黨權。

　　2006年11月17日和22日 馬英九先后捐款逾1500萬元。

　　2006年11月20日 馬英九晚間在黨中央和“立委”一起吃便當再度強調，特別費案他絕對經得起考驗，如果連他都有問題，那么民進黨“四大天王”一個都跑不掉。

　　2006年11月23日 馬英九二度遭“查黑中心”約談，面對媒體詢問約談狀況，馬英九說不方便透露內容，但他比出手勢說了聲“Safe”，似乎對自己很有信心。

　　2006年11月24日，國民黨主席、臺北市長馬英九表示，如果他被訴，會立即辭去黨主席職務。

　　2006年11月30日 臺北市政府上午由委任會計師周志誠說明市長馬英九的捐款細目。周志誠指出，馬的捐款共236筆，總金額為6809萬4910元；其中捐給團體的有188筆，捐給個人有48筆；就項目觀察，捐給公益團體占87.54%，捐給慈善團體占3.28%，其余10%為教育、學術團體，馬英九的捐款數，遠超過他支領的市長特別費。

　　2006年1月26日 馬英九表示，他完全依照“行政院”規定使用特別費，希望司法能盡快還他清白，面對國民黨內質疑他上了別人的當，他表示若遭起訴就會下臺以示負責，因為紀律很重要。

　　2006年2月7日 侯寬仁檢察官三度訊問馬英九談特別費屬性，最后認定特別費必須用在公務，但馬英九把8年市長任內1632萬不需單據的特別費全部匯進個人戶頭，甚至還申報個人財產。

　　2007年2月9日 馬英九接受東森新聞專訪，表示，“我講究清廉，不貪財、不收禮，我沒有犯罪的意圖、也沒有罪的事實，為什么被認為犯罪”，如果因此被起訴，“我很難接受”。

　　2007年2月13日 “高檢署查黑中心”下午宣布，以貪污罪嫌起訴馬英九，涉嫌“詐領”1117萬元。

　　資料來源：綜合臺灣東森新聞和中時電子報